根室市歴史と自然の資料館の建物は、1942年に大湊海軍通信隊根室分遣所として建設され、終戦後は花咲港小学校校舎として利用された。1990年から、歴史や自然資料の保管・展示・研究施設として活用されている。外観は赤レンガ造りのレトロな雰囲気が漂う。
主な資料として、ラクスマン来航時に描かれた俄羅斯舩之図(おろしゃふねのず) 、樺太北緯50度線上に置かれ、日本とロシアの国境を明示していた国境標石、チシマラッコの標本など貴重な資料が展示されている。

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